Das Zentrum für Jüdische Studien wurde von der Stiftung für Jüdische Studien zusammen mit der Universität Basel gegründet. Es hat im Oktober 1998 seine Arbeit aufgenommen. Seit Mai 2000 wird das Fach „Jüdische Studien“ offiziell von der Universität anerkannt. Jüdische Studien können in der Theologie als Schwerpunkt sowie in der Philosophisch-Historischen Fakultät als Bachelor- oder Masterstudienfach studiert werden.