Im Mittelpunkt der Klassischen Archäologie steht die materielle Hinterlassenschaft der von der griechischen und römischen Kultur geprägten Regionen des Mittelmeerraumes und der angrenzenden Gebiete von der Prähistorie bis in die Spätantike. Sie gräbt aus, identifiziert die Funde, erschliesst sie wissenschaftlich und sichert ihre Verfügbarkeit für künftige Generationen durch Restaurierung, Archivierung oder museale Präsentation. Neben der formalen und kontextuellen Analyse der Denkmäler wird auch dem Verständnis der antiken Bilderwelt unter kunst- und kulturhistorischen Gesichtspunkten grosser Wert beigemessen. Dabei wird die materielle Hinterlassenschaft der griechisch-römischen Welt nicht als ein in sich abgeschlossenes System verstanden, sondern als Teil eines Netzwerkes, das zu allen Zeiten in vielfältiger Weise eng mit den Nachbarkulturen verflochten war.

Die materiellen und kulturellen Erscheinungsformen des Austausches zwischen den antiken Mittelmeerkulturen und ihren Nachbarregionen prägen das fachliche Profil der Klassischen Archäologie in Basel sowohl in der Lehre als auch in der Forschung. Die Klassische Archäologie begreift sich dabei als eine historische Kulturwissenschaft: Ihren Gegenstand untersucht sie unter sozial-, alltags-, mentalitäts- und religionsgeschichtlichen Fragestellungen mit dem Ziel einer historischen Rekonstruktion und Analyse des kulturellen Systems, in dem die antiken Objekte einst standen und aus dem sie ihre Bedeutung bezogen. Ein weiteres Augenmerk gilt der künstlerischen und kulturgeschichtlichen Rezeption der Antike vom Mittelalter bis zur Gegenwart.