Das Departement Altertumswissenschaften vereint Lehre und Forschung der altertumswissenschaftlichen Fächer unter einem organisatorischen Dach. Es unterteilt sich in die Fachbereiche Ägypotologie, Alte Geschichte, Gräzistik, Historisch-vergleichende Sprachwissenschaft, Klassische Archäologie, Latinistik,  Ur- und Frühgeschichtliche und Provinzialrömische Archäologie sowie Vorderasiatische Altertumswissenschaft.

Im Departement Geschichte beschäftigen sich acht Professuren in Lehre und Forschung mit dem Mittelalter, der Frühen Neuzeit, mit Neuerer und Neuester Geschichte, mit Osteuropäischer Geschichte und der Geschichte Afrikas.

Das Departement Gesellschaftswissenschaften umfasst die Fachbereiche Ethnologie, Gender Studies, Kulturwissenschaft und Europäische Ethnologie, Nachhaltigkeitsforschung, Nahoststudien, Politikwissenschaft, Soziologie und Urban Studies.

Das Departement Künste, Medien, Philosophie besteht aus den vier Fachbereichen Kunstgeschichte, Musikwissenschaft, Philosophie und Medienwissenschaft.

Das Departement Sprach- und Literaturwissenschaften ist das grösste Departement der Philosophisch-Historischen Fakultät. Es fasst die Lehrenden, Forschenden und Lernenden sowie das technisch-administrative Personal folgender Fachbereiche zu einer Planungs-, Budget- und Verwaltungseinheit zusammen: Deutsche Sprach- und Literaturwissenschaft, Englische Sprach- und Literaturwissenschaft, Französische Sprach- und Literaturwissenschaft, Iberoromanistik, Italianistik, Nordistik und Slavistik.

Das Digital Humanities Lab ist ein technologieorientiertes Labor der Philosophisch-Historischen Fakultät mit mehr als 20 Jahren Praxis in der interdisziplinären Forschung. Dessen Wurzeln liegen in der Fotografie, beginnend in den 1920er Jahren, die es in den frühen 1980er Jahren zur digitalen Bildverarbeitung und der langfristigen Erhaltung der digitalen Daten führten.

eikones – Zentrum für die Theorie und Geschichte des Bildes ist eine interfakultäre und interdisziplinäre wissenschaftliche Einheit an der Universität Basel mit dem Ziel der Koordination und Förderung von Forschung und Lehre bezüglich der Theorie und Geschichte des Bildes.

Das Zentrum für Afrikastudien Basel (ZASB) koordiniert die Lehre und Forschung zu Afrika an der Universität Basel und ihren Partnerinstitutionen. Es ist ein international anerkanntes Zentrum für interdisziplinäre Afrikaforschung und bietet einen Master und ein Doktorat in Afrikastudien sowie ein Weiterbildungsprogramm an.

Das Zentrum für Jüdische Studien wurde von der Stiftung für Jüdische Studien zusammen mit der Universität Basel gegründet. Es hat im Oktober 1998 seine Arbeit aufgenommen. Seit Mai 2000 wird das Fach „Jüdische Studien“ offiziell von der Universität anerkannt. Jüdische Studien können in der Theologie als Schwerpunkt sowie in der Philosophisch-Historischen Fakultät als Bachelor- oder Masterstudienfach studiert werden.

Die Religionswissenschaft ist ein kultur- und gesellschaftswissenschaftliches Fach. Sie beschreibt „Religion“ mit wissenschaftlicher Distanz und vergleicht ihre kulturellen und gesellschaftlichen sowie ihre kommunikativen, medialen und sinnlichen Aspekte.

Der Profilbereich Osteuropa wird vom Slavischen Seminar und dem Lehrstuhl für Osteuropäische Geschichte getragen. Er trägt die interdisziplinäre Lehre und Forschung zur Geschichte und Kultur der osteuropäischen Regionen.