Die Fakultät organisiert sich in Anlehnung an die in der Schweiz üblichen Behördenorganisation.
Die Organe der Fakultät sind:

• das Dekanat (gewissermassen die Exekutive)
• die Fakultätsversammlung (gewissermassen die Legislative)
• der Fakultätsausschuss (Planungs- und Finanzausschuss)
• sowie die nachgenannten Fakultätskommissionen.

Zu den ständigen Kommissionen der Fakultät zählen:

• Prüfungskommission und Promotionsausschuss
• Unterrichtskommissionen
• Habilitationskommission
• Evaluations- und Beförderungskommission
• Kommission für Chancengleichheit
• Schulfächerkommission
• Kommission für den Fakultätspreis
• Kommission des Max Geldner-Fonds

Befristete Kommissionen der Fakultät sind:

• Berufungskommissionen
• Strukturkommissionen 
• sowie weitere, nach Bedarf von der Fakultätsversammlung eingesetzte Kommissionen.

Angehörige der Universität haben einen Anspruch auf Mitbestimmung, die sie über die Gruppierungen wahrnehmen können. Die Vertreterinnen und Vertreter der Gruppierungen können sich in verschiedene universitäre und fakultäre Gremien wählen lassen. Im Hinblick auf Wahlen und Vertretungen in innerfakultären und gesamtuniversitären Organen bestehen gemäss Fakultätsreglement folgende Gruppierungen: 

• Gruppierung I: Inhaberinnen und Inhaber von unbefristeten Professuren, Assistenzprofessorinnen und Assistenzprofessoren mit Tenure Track, Förderprofessorinnen und Förderprofessoren des SNF
• Gruppierung II: Assistenzprofessorinnen und Assistenzprofessoren ohne Tenure Track, Universitätsdozierende, Lehrbeauftragte, Titularprofessorinnen und Titularprofessoren, Privatdozentinnen und Privatdozenten sowie wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter mit Lehrverpflichtung
• Gruppierung III: Doktorierende und Postdoktorierende
• Gruppierung IV: Wissenschaftliche, technische und administrative Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter ohne Lehrverpflichtung
• Gruppierung V: Studierende

Sprecherinnen und Sprecher der Gruppierungen der Phil.-Hist. Fakultät sind:

• Gruppierung II: Prof. Dr. Erik Petry
• Gruppierung III: Victoria Landau MA
• Gruppierung IV: Dr. Marino Ferri, lic. phil. Véronique Hilfiker, Gabriela Kuster Vettiger MA (im Rotationsprinzip)
• Gruppierung V: Yanik Freudiger